Universitäten grenzen sich von Fachhochschulen dadurch ab, dass hier eine größere Anzahl von Fächern findet, die man studieren kann. Diese Fächer umfassen alle Bereiche. So besteht eine Universität aus verschiedenen Fakultäten. Klassischerweise vereint eine Universität also eine Theologische Fakultät, eine Medizinische Fakultät, eine Rechts- und eine Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät sowie eine Geisteswissenschaftliche Fakultät. Aber nicht jede Universität besteht heute mehr aus allen obengenannten Fakultäten. An einer Universität sollen Forschung und Lehre vereint werden. Das heißt, die Dozenten sollen nicht nur Studenten unterrichten, sondern auch auf ihrem Fachgebiet weiterforschen.

Von Universitätsstudenten wurde, zumindest bis zur Einführung der neuen akademischen Grade, ein hohes Maß an Selbstständigkeit erwartet, da der Studienverlauf, also beispielweise die Planung von Stundenplänen und Prüfungsterminen, von den Studenten selbst organisiert werden muss. Ebenso haben nur Universitäten das Promotionsrecht.

Neben den klassischen Universitäten zählt man auch beispielsweise die Universitäten der Bundeswehr, die Technischen Universitäten und die kirchlichen Hochschulen zu den Universitäten. Die älteste Universität Deutschlands ist die Ruprecht-Karls-Universität in Heidelberg.

Zu den entscheidenden Einrichtungen einer Universität gehören, neben den einzelnen Instituten, die Universitätsbibliotheken. Diese unterteilen sich in eine zentrale Bibliothek für alle Fächer sowie verschiedene Institutsbibliotheken.

Das Studierendensekretariat (früher Studentensekretariat, heute umfasst der neue Begriff politisch korrekt auch Studentinnen) ist für die Verwaltung der Scharen von Studenten zuständig. Will man sich beispielsweise immatrikulieren oder exmatrikulieren, muss man ins Studierendensekretariat.

An das Akademische Auslandsamt (AAA) wendet man sich, falls man einen Studienaufenthalt im Ausland plant. Universitäten haben meist Partneruniversitäten, sodass man mit dem Hochschulaustauschprogramm der Europäischen Union, dem sogenannten Erasmusprogramm, leicht für ein Semester an einer der Partneruniversitäten studieren kann.

Hat eine Universität eine medizinische Fakultät, so ist auch ein Universitätsklinikum vorhanden, deren Chefärzte meist Professuren an der Universität innehaben. Andere Einrichtungen können beispielsweise Sternwarten, botanische Gärten und Arboreten oder Sammlungen und Museen sein. Einrichtungen, die zwar mit der Universität verknüpft, ihr aber nicht unterstellt sind, sind zum Beispiel Studentenwerke, die Mensen und Wohnheime betreiben, sowie die Rechenzentren, die sich um alle Belange rund um den IT-Bereich kümmert.